Biomonitoring je sledování stavu biotopů a jednotlivých živočišných i rostlinných druhů.
Sledování stavu biotopů a druhů vychází z ustanovení této směrnice a bylo vtěleno do zák. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, především do §45f. Zákon tak ukládá orgánům ochrany přírody povinnost sledovat stav ptačích oblastí, evropsky významných druhů a typů evropsky významných stanovišť. Plněním tohoto úkolu byla pak Ministerstvem životního prostředí pověřena Agentura ochrany přírody a krajiny České republiky, konkrétně sekce dokumentace přírody a krajiny.
Směrnice rovněž ukládá členským státům EU každých šest let podávat hodnotící zprávy o stavu z hlediska ochrany jednotlivých fenoménů. První hodnotící zpráva za Českou republiku byla vypracována AOPK ČR a odevzdána prostřednictvím MŽP v červnu 2007. ČR tak byla jedním z prvních států, který tuto povinnost splnil.
